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K-Genome Lecture 2020 (아주 쉬운 유전체분석)
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*강의일정 및 비대면강의 여부는 참여대학별로 별도구성될수 있으며, 사정에의 의해 변경될 수 있음.
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일자장소강의제목 (1교시, 90분)강사소속실습 (2교시, 90분) 강사소속평가 (3교시,120분)참여대학 (교과)
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19/2비대면유전체 강좌개론 (이론)우현구아주대R programming I최지혜아주대지필평가대학학과과목명담당교수교과/비교과시작일종료일 주당시간주수수강생수
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29/9비대면유전체산업소개 (이론)김태형테라젠차세대염기서열결정법 (이론)안궁테라젠지필평가아주대학교 대학원 의생명과학과유전체의학우현구교과9월2일12월9일3시간15주15
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39/16비대면차세대염기서열결정법 (실습)안궁테라젠RNA-SEQ Technology (이론)박대찬아주대지필평가한양대학교대학원 생명의료정보학과의학유전체학고인송교과9월2일12월9일3시간15주3
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49/23비대면RNA-SEQ processing박대찬아주대R programming II권소미아주대지필평가부산대학교대학원 유전체데이터과학과유전학 및 유전체학이동준교과9월2일12월9일3시간15주5
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9/30비대면 추석지필평가가톨릭의대의생명건강과학과BIT융합다학제 협동과정정연준교과9월2일12월9일3시간15주12
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510/7비대면의생명통계기초 I박범희아주대R programming III최지혜아주대지필평가동국대학교대학원생명과학과대학원생명과학과이민호교과9월2일12월9일3시간15주6
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610/14비대면의생명통계기초 II박범희아주대Differential Expression김윤학부산대지필평가공개교육생 (비교과)의생명과학도를 위한 아주쉬운 유전체 분석우현구비교과9월2일12월9일3시간15주45
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710/21비대면Bioconductor최지혜아주대Gene Ontology/ Gene Set / Pathway Analysis김윤학부산대지필평가합계86
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810/28비대면후성유전체학노태영포항공대NGS 응용분석 I최익영강원대지필평가
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911/4비대면NGS 응용분석 II 최익영강원대chemoinformatics이민호동국대지필평가
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1011/11비대면Single Cell Sequencing 이론방두희연세대Single Cell Sequencing 분석 I김규태아주대지필평가
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1111/18비대면Single Cell Sequencing 분석 II김규태아주대마이크로바이옴 나희삼부산대지필평가
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1211/25비대면Genetic Epidemiology (GWAS)한미령인천대마이크로바이옴 분석나희삼부산대지필평가
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1312/2비대면Genetic Epidemiology (GWAS 실습)한미령인천대공개유전체 데이터 실습 (GEO/SRA)김규태아주대지필평가
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1412/9비대면공개유전체 데이터 (TCGA)최지혜아주대공개유전체 데이터 (LINCS)권소미아주대지필평가
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1512/16비대면기말평가우현구아주대지필평가
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실습강의계획
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No실습계획실습내용
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1R programming IR introduction / Rstudio
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operations
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data types
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2R programming IIfunction
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iterations
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statistical test (parametric / non-parametric)
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3R programming III
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Read/write
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R plotting
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4BioconductorExpressionSet
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GenomicRanges
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5Differential expression permutation test
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multiple testing/False Discovery Rate
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fold difference
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6Clustering/classificationclustering/classification
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heatmap visualization
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7Gene Set Analysis / Pathway AnalysisGene ontology
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GSEA
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DAVID
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genepattern
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cytoscape/genemania
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8NGSlinux /bash 기초
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WGS/WES
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IGV visualization
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8RNAseqSTAR, tophat/cufflinks
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annotation
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normalization
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9공개유전체 데이터 활용 ISRA 데이터 활용
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GEO-data 분석
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Galaxy 활용분석
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9공개유전체 데이터 활용IITCGA-data /cbioportal 분석
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10Single Cell Sequencing 분석CELL RANGER
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SEURAT
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