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1 | K-Genome Lecture 2020 (아주 쉬운 유전체분석) | ||||||||||||||||||||||||||||
2 | *강의일정 및 비대면강의 여부는 참여대학별로 별도구성될수 있으며, 사정에의 의해 변경될 수 있음. | ||||||||||||||||||||||||||||
3 | 주 | 일자 | 장소 | 강의제목 (1교시, 90분) | 강사 | 소속 | 실습 (2교시, 90분) | 강사 | 소속 | 평가 (3교시,120분) | 참여대학 (교과) | ||||||||||||||||||
4 | 1 | 9/2 | 비대면 | 유전체 강좌개론 (이론) | 우현구 | 아주대 | R programming I | 최지혜 | 아주대 | 지필평가 | 대학 | 학과 | 과목명 | 담당교수 | 교과/비교과 | 시작일 | 종료일 | 주당시간 | 주수 | 수강생수 | |||||||||
5 | 2 | 9/9 | 비대면 | 유전체산업소개 (이론) | 김태형 | 테라젠 | 차세대염기서열결정법 (이론) | 안궁 | 테라젠 | 지필평가 | 아주대학교 | 대학원 의생명과학과 | 유전체의학 | 우현구 | 교과 | 9월2일 | 12월9일 | 3시간 | 15주 | 15 | |||||||||
6 | 3 | 9/16 | 비대면 | 차세대염기서열결정법 (실습) | 안궁 | 테라젠 | RNA-SEQ Technology (이론) | 박대찬 | 아주대 | 지필평가 | 한양대학교 | 대학원 생명의료정보학과 | 의학유전체학 | 고인송 | 교과 | 9월2일 | 12월9일 | 3시간 | 15주 | 3 | |||||||||
7 | 4 | 9/23 | 비대면 | RNA-SEQ processing | 박대찬 | 아주대 | R programming II | 권소미 | 아주대 | 지필평가 | 부산대학교 | 대학원 유전체데이터과학과 | 유전학 및 유전체학 | 이동준 | 교과 | 9월2일 | 12월9일 | 3시간 | 15주 | 5 | |||||||||
8 | 9/30 | 비대면 | 추석 | 지필평가 | 가톨릭의대 | 의생명건강과학과 | BIT융합다학제 협동과정 | 정연준 | 교과 | 9월2일 | 12월9일 | 3시간 | 15주 | 12 | |||||||||||||||
9 | 5 | 10/7 | 비대면 | 의생명통계기초 I | 박범희 | 아주대 | R programming III | 최지혜 | 아주대 | 지필평가 | 동국대학교 | 대학원생명과학과 | 대학원생명과학과 | 이민호 | 교과 | 9월2일 | 12월9일 | 3시간 | 15주 | 6 | |||||||||
10 | 6 | 10/14 | 비대면 | 의생명통계기초 II | 박범희 | 아주대 | Differential Expression | 김윤학 | 부산대 | 지필평가 | 공개교육생 (비교과) | 의생명과학도를 위한 아주쉬운 유전체 분석 | 우현구 | 비교과 | 9월2일 | 12월9일 | 3시간 | 15주 | 45 | ||||||||||
11 | 7 | 10/21 | 비대면 | Bioconductor | 최지혜 | 아주대 | Gene Ontology/ Gene Set / Pathway Analysis | 김윤학 | 부산대 | 지필평가 | 합계 | 86 | |||||||||||||||||
12 | 8 | 10/28 | 비대면 | 후성유전체학 | 노태영 | 포항공대 | NGS 응용분석 I | 최익영 | 강원대 | 지필평가 | |||||||||||||||||||
13 | 9 | 11/4 | 비대면 | NGS 응용분석 II | 최익영 | 강원대 | chemoinformatics | 이민호 | 동국대 | 지필평가 | |||||||||||||||||||
14 | 10 | 11/11 | 비대면 | Single Cell Sequencing 이론 | 방두희 | 연세대 | Single Cell Sequencing 분석 I | 김규태 | 아주대 | 지필평가 | |||||||||||||||||||
15 | 11 | 11/18 | 비대면 | Single Cell Sequencing 분석 II | 김규태 | 아주대 | 마이크로바이옴 | 나희삼 | 부산대 | 지필평가 | |||||||||||||||||||
16 | 12 | 11/25 | 비대면 | Genetic Epidemiology (GWAS) | 한미령 | 인천대 | 마이크로바이옴 분석 | 나희삼 | 부산대 | 지필평가 | |||||||||||||||||||
17 | 13 | 12/2 | 비대면 | Genetic Epidemiology (GWAS 실습) | 한미령 | 인천대 | 공개유전체 데이터 실습 (GEO/SRA) | 김규태 | 아주대 | 지필평가 | |||||||||||||||||||
18 | 14 | 12/9 | 비대면 | 공개유전체 데이터 (TCGA) | 최지혜 | 아주대 | 공개유전체 데이터 (LINCS) | 권소미 | 아주대 | 지필평가 | |||||||||||||||||||
19 | 15 | 12/16 | 비대면 | 기말평가 | 우현구 | 아주대 | 지필평가 | ||||||||||||||||||||||
20 | 실습강의계획 | ||||||||||||||||||||||||||||
21 | No | 실습계획 | 실습내용 | ||||||||||||||||||||||||||
22 | 1 | R programming I | R introduction / Rstudio | ||||||||||||||||||||||||||
23 | operations | ||||||||||||||||||||||||||||
24 | data types | ||||||||||||||||||||||||||||
25 | 2 | R programming II | function | ||||||||||||||||||||||||||
26 | iterations | ||||||||||||||||||||||||||||
27 | statistical test (parametric / non-parametric) | ||||||||||||||||||||||||||||
28 | 3 | R programming III | |||||||||||||||||||||||||||
29 | Read/write | ||||||||||||||||||||||||||||
30 | R plotting | ||||||||||||||||||||||||||||
31 | 4 | Bioconductor | ExpressionSet | ||||||||||||||||||||||||||
32 | GenomicRanges | ||||||||||||||||||||||||||||
33 | 5 | Differential expression | permutation test | ||||||||||||||||||||||||||
34 | multiple testing/False Discovery Rate | ||||||||||||||||||||||||||||
35 | fold difference | ||||||||||||||||||||||||||||
36 | 6 | Clustering/classification | clustering/classification | ||||||||||||||||||||||||||
37 | heatmap visualization | ||||||||||||||||||||||||||||
38 | 7 | Gene Set Analysis / Pathway Analysis | Gene ontology | ||||||||||||||||||||||||||
39 | GSEA | ||||||||||||||||||||||||||||
40 | DAVID | ||||||||||||||||||||||||||||
41 | genepattern | ||||||||||||||||||||||||||||
42 | cytoscape/genemania | ||||||||||||||||||||||||||||
43 | 8 | NGS | linux /bash 기초 | ||||||||||||||||||||||||||
44 | WGS/WES | ||||||||||||||||||||||||||||
45 | IGV visualization | ||||||||||||||||||||||||||||
46 | |||||||||||||||||||||||||||||
47 | |||||||||||||||||||||||||||||
48 | 8 | RNAseq | STAR, tophat/cufflinks | ||||||||||||||||||||||||||
49 | annotation | ||||||||||||||||||||||||||||
50 | normalization | ||||||||||||||||||||||||||||
51 | |||||||||||||||||||||||||||||
52 | |||||||||||||||||||||||||||||
53 | 9 | 공개유전체 데이터 활용 I | SRA 데이터 활용 | ||||||||||||||||||||||||||
54 | GEO-data 분석 | ||||||||||||||||||||||||||||
55 | Galaxy 활용분석 | ||||||||||||||||||||||||||||
56 | |||||||||||||||||||||||||||||
57 | 9 | 공개유전체 데이터 활용II | TCGA-data /cbioportal 분석 | ||||||||||||||||||||||||||
58 | |||||||||||||||||||||||||||||
59 | |||||||||||||||||||||||||||||
60 | |||||||||||||||||||||||||||||
61 | 10 | Single Cell Sequencing 분석 | CELL RANGER | ||||||||||||||||||||||||||
62 | SEURAT | ||||||||||||||||||||||||||||
63 | |||||||||||||||||||||||||||||
64 | |||||||||||||||||||||||||||||
65 | |||||||||||||||||||||||||||||
66 | |||||||||||||||||||||||||||||
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